Surjanegara is lid van de protestantse kerk Gereja Protestan di Indonesia.. Deze kerk moet, evenals andere reformatorische kerken, behoedzaam opereren in een samenleving waar van de 220 miljoen inwoners 200 miljoen de islam aanhangen. „Er is vrijheid van godsdienst, maar we moeten voorzichtig zijn als de slangen en oprecht als de duiven.